Jemaat GKI Petrus Amban adalah bagian dari Klasis GKI Manokwari dan Sinode GKI di Jayapura. Wilayah pelayanan Jemaat GKI Petrus Amban berada dalam wilayah administrasi pelayanan Klasis GKI Manokwari, dan berada pada Lingkungan II Klasis GKI Manokwari yang tergabung  bersama Jemaat Manyosi Wirsi, Jemaat Nazareth Fanindi Pantai, Jemaat Ebenhaezer   Fanindi, Jemaat Efata Manggoapi, Jemaat Diaspora Mulyono, Jemaat Pniel Anggori, Jemaat Insirifuri, dan Jemaat Petrus Kafiar Amban Pantai. Hal ini menunjukkan bahwa wilayah pelayanan Jemaat GKI Petrus Amban tidak hanya terpusat di sekitar gereja GKI Petrus Amban melainkan dalam realitasnya wilayah pelayanan jemaat GKI Petrus Amban sampai bersinggungan dan beririsan dengan wilayah pelayanan jemaat- jemaat GKI lainnya.

Jemaat Petrus Amban dapat dikategorikan dalam dua jenis, yakni jemaat tetap dan jemaat tidak tetap.  Jemaat tetap adalah warga jemaat yang terdaftar dan tercatat dalam data statistik jemaat.  Jemaat tidak tetap terutama adalah mahasiswa yang beribadah di gedung gereja Petrus dan mengikuti berbagai aktivitas yang dilaksanakan panitia pada hari-hari besar gerejani atau perayaan tertentu.  Kedua jenis warga jemaat ini mendapatkan berbagai bentuk pelayanan oleh majelis jemaat dan unsur-unsur jemaat.  Khusus mahasiswa sebagai warga jemaat tidak tetap mendapatkan pelayanan rumah tangga di asrama-asrama mahasiswa. Suatu keunikan yang dapat terlihat di jemaat Petrus Amban dimana pada ibadah hari minggu saat mahasiswa liburan maka gereja tampak sepi pengunjung, tetapi gereja akan ramai pengunjung jika mahasiswa selesai liburan dan kembali ke kampus untuk melanjutkan pendidikannya.

Sebaran warga jemaat GKI Petrus Amban yang luas diorganisasikan dengan pembentukan klaster-klaster yang disebut dengan wilayah rayon. Jumlah wilayah rayon yang ada sekarang ini sebanyak 13 rayon, yang tersebar mulai dari sekitar lingkungan gereja hingga sampai di wilayah kota. Penyebaran wilayah rayon jemaat GKI Petrus Amban sebagai berikut: