BPPS (Badan Pembantu Penyelenggara Sekolah) adalah badan khusus yang dibentuk oleh Majelis Jemaat untuk membantu kelancaran tanggung jawab yang diberikan kepada jemaat-jemaat di lingkungan GKI Di Tanah Papua untuk menunjang keberadaan dan penyelenggaraan sekolah-sekolah YPK di Tanah Papua. Badan ini disahkan sejak tanggal 13 Februari 2022 untuk periode 2022-2027 berdasarkan SK Nomor 005/A-6.a.6/G-11.c/II/2022.
Secara organisasi struktur badan terdiri dari ketua, sekertaris, bendahara, seksi Pendidikan, prasarana, kerohanian dan usaha dana. Kepada Pengelola BPPS diberikan wewenang penuh untuk melaksanakan tanggung jawab jemaat terhadap keberadaan Sekolah Taman Kanak-kanak YPK 01 Petrus Amban sebagai bagian, milik dan sarana pelayanan GKI di Tanah Papua terhadap masyarakat, Negara dan bangsa.